Аспирантура в Киргизском Государственном Медицинском Институте (ныне Кыргызская Государственная Медицинская Академия им. И. К. Ахунбаева) была основана в 1943 году. Создание аспирантуры было утверждено Постановлением №851 Совета Народных Комиссаров Киргизской ССР «Об организации при Киргизском Государственном Медицинском Институте аспирантуры и ординатуры». Этот шаг был предпринят для решения острой необходимости в подготовке научно-педагогических кадров из числа молодых специалистов, особенно из лиц местной коренной национальности.

В том же году было основано студенческое научное общество, что стало важнейшим и значительным шагом в развитии научной деятельности института, способствовавшим активному вовлечению студентов в исследовательскую работу и созданию благоприятной атмосферы для научных открытий.

С момента своего создания аспирантура стала важнейшим элементом в образовательной системе института, предоставляя возможность для углублённого изучения и научных исследований. Первоначально аспирантура включала 12 мест.

В 1951 году была организована докторантура, что стало следующим важным шагом в развитии кафедры.

С 1979 по 1997 годы отделом «Аспирантуры, докторантуры и ординатуры» руководила уважаемая Сатарова Алтын Сатаровна, чье руководство стало важным этапом в истории развития научной подготовки. В это время отдел также известен как отдел науки, отражая его ключевую роль в научных исследованиях и подготовке молодых ученых.

В 1999 году руководство отделом перешло к профессору М. М. Мамытову, который также занимал должность проректора по научной работе, внедряя новые подходы и стратегии в научные исследования. В период его руководства ординатура была разделена от аспирантуры, что способствовало более глубокому исследовательскому направлению в образовательном учреждении. Заведующей аспирантурой стала кандидат биологических наук Гульзат Бактыяровна Усонкулова, чья профессиональная преданность и умение вдохновляли молодых исследователей на достижение выдающихся результатов.

Заведующая аспирантурой с 1999-2007гг. к.б.н. Усонкулова Гульзат Бактыяровна

Ординатура отделилась от аспирантуры, и в это время отдел получил название "Отдел научной и лечебной работы", подчеркивая свою важную роль в интеграции науки и медицинской практики. Приоритетом стали консультации и клинические обходы, проводимые заведующими кафедрами, профессорами и доцентами. Сотрудничество между учеными Академии, научно-исследовательскими институтами медицинского профиля, врачами лечебно-профилактических учреждений и органов управления здравоохранения республики играет ключевую роль в инновационном развитии медицинской науки. Это позволяет оперативно внедрять передовые технологии в лечебный процесс, расширять клинические базы и улучшать качество медицинской помощи населению. Для решения вышеупомянутых задач постановлением Ученого совета КГМА №6 от 26 марта 1999 года было принято открыть Учебно-лечебно-научный медицинский центр при КГМА.

С 2008 по 2011 года проректором по научной и лечебной работе был доктор медицинских наук, профессор Ырысов К.Б. После него эту должность занял доктор медицинских наук, профессор Бримкулов Н.Н., который руководил до 2016 года. В это время кандидат медицинских наук, доцент Исакова Жылдыз Казыбаевна вела отдел научной и лечебной работы, направленный на укрепление научно-исследовательской базы и интеграцию инновационных методов в клиническую практику. Под её руководством отдел был переименован в отдел "Научно-инновационной и клинической работы", что отражало его новую стратегическую ориентацию и приоритеты в развитии медицинской науки.

Заведующая отделом научно-инновационной и клинической работы с 2010-2016 гг. к.м.н., доцент Исакова Жылдыз Казыбаевна

10 июня 2010 года приказом ректора Кыргызской государственной медицинской академии им. И.К. Ахунбаева в соответствии с уставом учебного заведения и решением Ученого Совета был основан Стоматологический Учебно-Научно-Клинический Центр. Центр функционирует как ключевая образовательная, научная и клиническая база для студентов стоматологического факультета, клинических ординаторов, аспирантов и других специалистов в области стоматологии.

В период с 2016 по 2021 годы, проректором на научной и лечебной работе был д.м.н., профессор Сопуев Андрей Асангулович, руководителем отдела научно-инновационной и клинической работы был кандидат медицинских наук, доцент Маматов Ниязбек Нурланбекович, который неустанно расширял функционал отдела. Он координировал научно-исследовательские работы кафедр и межотраслевого учебно-научного центра, стремясь к новым высотам в академическом прогрессе. Организация Научно-технического совета и ученого совета по науке стала форумом для дискуссий и научных открытий. Под его руководством процветало научное общество молодых ученых студентов, вдохновляя новые поколения к исследованиям. Стало традицией отмечать "Дни науки" среди студентов и молодых ученых, что способствовало активизации научной жизни и развитию научного потенциала учебного заведения, также стали важными платформами для обмена знаниями и идеями. Особое внимание уделялось координации клинической работы кафедр и Центра клинических навыков, где внедрялись передовые методики и технологии для улучшения медицинской практики.

Заведующий отделом научно-инновационной и клинической работы с 2016-2021гг. к.м.н., доцент Маматов Ниязбек Нурланбекович

14 июня 2017 года состоялась торжественное открытие Высокогорной базы "Тоо-Ашуу" КГМА им.И.К. Ахунбаева, которая находится на высоте свыше 3200 км над уровнем и проводится горноклиматическое лечение пациентам с болезнями органов дыхания, почек; системы крови; аллергические состояния. Решением ученого совета КГМА центру присвоено имя ведущего гематолога страны, академика, доктора медицинских наук, профессора Абдухалима Раимжанова.

В период с 2021 по сегодняшний день, проректором по научной и лечебной работе является к.м.н., доцент Маматов Ниязбек Нурланбекович, а заведующей отделом научно-инновационной и клинической работы была к.м.н., доцент Иманкулова Асель Сансызбаевна. Под её руководством отдел неустанно развивался и достигал новых высот в научно-исследовательской и клинической деятельности.

Заведующая отделом научно-инновационной и клинической работы 2021-2023гг. к.м.н., доцент Иманкулова Асель Сансызбаевна

С 2023 года и до настоящего времени отделом научно-инновационной и клинической работы руководит кандидат медицинских наук, доцент Байтелиева Алтынай Карыпбаевна. Под её руководством отдел продолжает свой путь научных открытий и клинических инноваций, сохраняя и развивая лучшие традиции, заложенные прежними руководителями отдела.

Заведующая отделом научно-инновационной и клинической работы с 2023г. по настоящее время к.м.н. Байтелиева Алтынай Карыпбаевна

КГМА им. И.К. Ахунбаева активно сотрудничают с лечебно-профилактическими учреждениями как внутри страны, так и за её пределами. Общее число договоров на сегодняшний день составляет 326, из них с иностранными лечебно-профилактическими учреждениями – 88. Кроме того, имеются партнерства с медицинскими центрами, клиниками, лабораториями, медицинскими образовательными организациями и общественными фондами, фармацевтическими организациями, частными стоматологическими клиниками и центрами.

Согласно Приказу Министерства Здравоохранения КР от 17 февраля 2022 года под №191, Республиканский диагностический центр при МЗ КР был передан на баланс КГМА им. И.К. Ахунбаева с целью создания учебно-научно-клинической базы вуза.

В августе 2023 на баланс КГМА им.И.К.Ахунбаева передано мобильный комплекс (автопоезд) “Караван здоровья” от Национального Госпиталя МЗ КР, для оказания медицинской помощи населению страны.

1. Координация НИР кафедр и ЦНИЛ (МУНЦ)
2. Аспирантура и докторантура
3. Проведение НТК, Ученого Совета по науке
4. Диссертационные советы
5. Руководство НОМУС
6. Комиссия по проверке первичной документации
7. Комиссия по биоэтике
8. Организация научных конференций
9. Лечебная работа клинических кафедр

1. Совершенствование управления научно - исследовательской деятельностью.
2. Формирование новых научных направлений в области биомедицинских наук.
3. Поддержание материально - технической базы научных исследований на современном уровне.
4. Совершенствование системы подготовки кадров высшей квалификации с целью сохранения и последующего наращивания их численности.
5. Перестройка структуры и содержания подготовки научно - педагогических кадров в соответствии с потребностями науки.
6. Защита интеллектуальной собственности.
7. Разработка инновационных продуктов.
8. Обеспечение единства учебного и научного процессов и эффективное использование научного потенциала академии для повышения качества подготовки научно - педагогических кадров.
9. Реализация принципа непрерывности научной работы НИР студентов до научных исследований кандидатского и докторского уровней в процессе подготовки кадров высшей квалификации.
10. Организация издательской работы академии: подготовка материалов для сборников научных трудов по профилю академии, методических документов, их научное редактирование, формирование базы данных по контролю за НИР.
11. Взаимодействие клинических кафедр и ЛПУ.

1. Создать гибкую структуру организации научных исследований и научно - технических разработок, адекватной состоянию общества и государства.
2. Планирование, ведение и внедрение результатов НИР по теоретическим и практическим проблемам, актуальным для здравоохранения КР.
3. Способствовать росту научно - методической квалификации профессорско - преподавательского состава, научных сотрудников, докторантов и аспирантов.
4. Способствовать защите интеллектуальной собственности.
5. Способствовать внедрению научно-технических инноваций. 
6. Обеспечивать единство планирования, отчетности и внедрения.
7. Способствовать координации и комплексированию НИР с научными учреждениями, ВУЗами и учреждениями здравоохранения.
8. Способствовать совершенствованию учебного процесса путем внедрения в него результатов НИР, привлечения студентов к участию в НИР.
9. Создать систему слежения и координации программных исследований, формирование базы данных по контролю за научно - исследовательской работой.
10. Создать условия для постоянного развития и свободной реализации творческих возможностей ученых.
11. Осуществлять методическое руководство и принимать отчеты по НИР.