Руководство НИР КГМА осуществляет проректор по научной и лечебной работе к.м.н., доцент Маматов Н. Н. через отдел научно – инновационной и клинической работы, который является самостоятельным подразделением КГМА им. И. К. Ахунбаева, осуществляющим функции по организации научно - исследовательской деятельности и подготовке кадров высшей квалификации.

1. Координация НИР кафедр и ЦНИЛ (МУНЦ)
2. Аспирантура и докторантура
3. Проведение НТК, Ученого Совета по науке
4. Диссертационные советы
5. Руководство НОМУС
6. Комиссия по проверке первичной документации
7. Комиссия по биоэтике
8. Организация научных конференций
9. Лечебная работа клинических кафедр

1. Совершенствование управления научно - исследовательской деятельностью.
2. Формирование новых научных направлений в области биомедицинских наук.
3. Поддержание материально - технической базы научных исследований на современном уровне.
4. Совершенствование системы подготовки кадров высшей квалификации с целью сохранения и последующего наращивания их численности.
5. Перестройка структуры и содержания подготовки научно - педагогических кадров в соответствии с потребностями науки.
6. Защита интеллектуальной собственности.
7. Разработка инновационных продуктов.
8. Обеспечение единства учебного и научного процессов и эффективное использование научного потенциала академии для повышения качества подготовки научно - педагогических кадров.
9. Реализация принципа непрерывности научной работы НИР студентов до научных исследований кандидатского и докторского уровней в процессе подготовки кадров высшей квалификации.
10. Организация издательской работы академии: подготовка материалов для сборников научных трудов по профилю академии, методических документов, их научное редактирование, формирование базы данных по контролю за НИР.
11. Взаимодействие клинических кафедр и ЛПУ.

1. Создать гибкую структуру организации научных исследований и научно - технических разработок, адекватной состоянию общества и государства.
2. Планирование, ведение и внедрение результатов НИР по теоретическим и практическим проблемам, актуальным для здравоохранения КР.
3. Способствовать росту научно - методической квалификации профессорско - преподавательского состава, научных сотрудников, докторантов и аспирантов.
4. Способствовать защите интеллектуальной собственности.
5. Способствовать внедрению научно-технических инноваций. 
6. Обеспечивать единство планирования, отчетности и внедрения.
7. Способствовать координации и комплексированию НИР с научными учреждениями, ВУЗами и учреждениями здравоохранения.
8. Способствовать совершенствованию учебного процесса путем внедрения в него результатов НИР, привлечения студентов к участию в НИР.
9. Создать систему слежения и координации программных исследований, формирование базы данных по контролю за научно - исследовательской работой.
10. Создать условия для постоянного развития и свободной реализации творческих возможностей ученых.
11. Осуществлять методическое руководство и принимать отчеты по НИР.