Отдел воспитательной и организационно- массовой работы, в свое время было- управлением и оно было создано ещё в 1939г. и называлось комсомольской организацией института.   Первым секретарем была избрана Л.В. Букина. К  1960 г. комсомольская организация насчитывала 1950 человек.  

В 1973-1976 гг. студенческий отряд «Медик» насчитывал 400 бойцов и трудился на объектах Якутской АССР. За высокие производственные показатели в строительстве и за активное участие в общественно- политической и культурно- массовой работе среди населения отряд был дважды награжден Почетной грамотой Верховного Совета Киргизской ССР, памятными лентами и грамотами ЦК ВЛКСМ, переходящим Красным Знаменем ЦК Компартии Киргизии и Совета Министров Киргизской ССР.

В настоящее время  отдел воспитательной и организационно- массовой работы объединяет в своих рядах около   200 человек.

Воспитательная работа в  академии насыщена и разнообразна. Интересно организуются досуг студентов: ежегодно проводится более 100 мероприятий, в  том числе праздничные вечера и концерты, КВН, тематические вечера, лекции, семинары, фестивали, вечер знакомств факультетов, посвящение в студенты КГМА, мероприятия посвященные знаменательным датам и событиям, торжественное мероприятие посвященный выпускникам КГМА.  Молодежь академии принимает активное участие республиканском фестивале «Весна Бишкек», а так же в остальных конференциях  и симпозиумов.